南京市委党校于1950年2月正式成立，前身为成立于1949年7月的南京市委党训班。1993年4月，市行政学院成立并与市委党校实行“两块牌子、一套班子”的办学体制，领导体制为校务委员会负责制。2006年9月，共青团南京市委团校并入市委党校。党的十八大以来，南京市委党校坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指引，认真落实《党校(行政学院)工作条例》及全国、省市党校(行政学院)校(院)长会议精神、《2018-2022干部教育培训规划》相关要求，2018年起连续三年系统性推出“2058”强力工程(20项创新实干项目、58项具体工作任务)，努力推动实现南京党校事业高质量发展。