广东省科学院微生物研究所于1964年成立，地处广州越秀，隶属于广东省科学院，是公益一类事业单位。广东省微生物分析检测中心于1999年成立，与广东省科学院微生物研究所合署办公。拥有华南应用微生物国家重点实验室、粤港澳大湾区微生物安全与健康国际科技创新中心（筹）、国际/国家专利菌种保藏机构——广东省微生物菌种保藏中心（GDMCC）、国家生物产业基地公共实验中心、国家微生物种业产业技术创新战略联盟等国家级平台。研究所面向国家和广东省社会经济发展对微生物学的重大需求，重点致力于具有热带亚热带特色的微生物资源、微生物与生态环境、食品安全及健康等相关基础、应用基础及公益性研究，开展为支撑生物技术相关行业可持续发展的共性关键技术研究及储备性前沿技术探索。已建成由中国工程院院士、国家百千万人才工程入选者、国家“万人计划”科技创新领军人才、国家优秀青年基金获得者、广东“特支计划”杰出人才、科技创新领军人才和青年拔尖人才等为领军科学家的六大创新团队。